Vaak voorkomende klachten bij de Audi A3 cabriolet zijn elektronische storingen waarbij het dak niet volledig opent of sluit, meestal veroorzaakt door defecte sensoren of fouten in het CAN-BUS-systeem. Ook mechanische problemen zoals lekkende hydraulische cilinders of beschadigde dakframes komen regelmatig voor. Daarnaast laat bij sommige modellen de verlijming van de achterruit los, wat kan leiden tot lekkages. Regelmatig onderhoud en snelle reparaties zijn essentieel om deze problemen te voorkomen.